科研进展
  • 深圳先进院提出磁控仿鱼微型机器人复杂运动
    最近,来自金沙威尼斯欢乐娱人城深圳先进技术研究院集成所智能仿生研究中心的徐升和徐天添研究团队合作,提出了一套针对微型仿鱼磁驱动机器人的复杂运动学习控制方法,通过宽度学习网络训练获得了可控磁场变化与仿鱼机器人多种动作基元之间的关系规律,实现了仿鱼机器人的复杂运动,并且本方法无需复杂调参,并具有优异鲁棒稳定性,保障了运动过程不受外界扰动影响。
       最近,来自金沙威尼斯欢乐娱人城深圳先进技术研究院集成所智能仿生研究中心的徐升和徐天添研究团队合作,提出了一套针对微型仿鱼磁驱动机器人的复杂运动学习控制方法,通过宽度学习网络训练获得了可控磁场变化与仿鱼机器人多种动作基元之间的关系规律,实现了仿鱼机器人的复杂运动,并且本方法无需复杂调参,并具有优异鲁棒稳定性,保障了运动过程不受外界扰动影响。
      图1 论文在IEEE Transactions on Cybernetics线上发表
      论文链接:https://ieeexplore.ieee.org/document/10121060
       研究成果以“A Robot Motion Learning Method Using Broad Learning System Verified by Small-scale Fish-like Robot”为题,发表在智能控制领域权威期刊IEEE Transactions on Cybernetics(JCR一区,影响因子:19.118)。徐升副研究员为第一作者,徐天添研究员为通讯作者,金沙威尼斯欢乐娱人城深圳先进技术研究院为第一单位。 
       微型仿鱼机器人由于构型合理、尺度很小,可以更为灵活地在复杂狭小空间内穿梭作业,在微孔探查、靶向治疗等小尺度操作领域具有巨大的应用潜力。但是,受磁场与机器人运动之间的强非线性影响,使得机器人按要求轨迹运动控制十分具有挑战。同时,在复杂场景中,如人体内,理想目标轨迹的准确坐标往往不便获取,限制了追踪控制策略的应用。体内环境迂曲复杂,存在频繁方向改变,控制器反复调整计算复杂繁琐,存在重复性。因此,十分有必要将微型机器人的底层运动封装为基本运动,例如直走,直角弯,S形弯,C形弯等,并将这些基本运动作为高层运动指令库的基元,便于在后续的宏观运动路径规划中按需调用,可降低实时控制指令的解算复杂度。研究团队结合宽度学习理论,对磁控仿鱼机器人的运动基元开展训练学习完成多种复杂运动。 
      研究团队设计了以宽度神经网络为主体的微型机器人基本运动控制器;基于李雅普诺夫稳定理论,推导了保障机器人运动稳定的控制器网络参数约束,大大简化不同运动基元的控制器参数训练学习过程;提出了以磁场参数变化与机器人速度矢量变化为所需数据的控制器网络参数训练方法,使用者只需通过改变训练数据的种类即可获得多种运动基元,而且考虑了稳定约束的训练算法可以保证所获得的控制器必然稳定。
      图2 基于宽度神经网络的微型仿鱼机器人运动基元学习控制方法
      图3 微型仿鱼机器人结构及运动原理,磁驱动实验系统
      通过仿真及实验,研究团队运用所提的学习控制方法获得了锐角弯、J形弯、S形弯等多种运动基元的微型机器人控制器,并开展了仿鱼机器人避障运动实验。在机器人运动过程中我们通过人为摇晃容器、暴力碰触机器人模拟了真实场景中可能存在的复杂扰动,机器人在复杂环境中,直接调用C形弯,S形弯等运动基元实现高效避障,通过使用所提方法机器人均可以抵达最终指定区域,验证了所提方法的强抗扰能力。该成果符合高层运动指令规划的思想,大幅简化了实时控制指令解算复杂度,为微型机器人的多机集群运动或无参考轨迹最优运动规划打下基础,同时还可推广至无人机、无人车以及工业机器人的复杂运动控制。
      图4 机器人多次执行“S”形避障实际效果
      图5 机器人强抗扰能力验证(暴力阻拦、容器振动)
      该系列研究工作得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、广东省自然科学基金、中科院青促会、深圳市等科技项目资助。
      
    2023-05-10
  • 深圳先进院开发超声时空可控核内基因递送新方法
    金沙威尼斯欢乐娱人城深圳先进技术研究院合成生物学研究所严飞研究员的最新成果以“Cell-cycle dependent nuclear gene delivery enhances the effects of E-cadherin against tumor invasion and metastasis”为题发表于国际知名期刊Signal Transduction and Targeted Therapy。
      5月8日,金沙威尼斯欢乐娱人城深圳先进技术研究院合成生物学研究所严飞研究员的最新成果以“Cell-cycle dependent nuclear gene delivery enhances the effects of E-cadherin against tumor invasion and metastasis”为题发表于国际知名期刊Signal Transduction and Targeted Therapy。在该项工作中,研究团队开发了一种新的在体时空可控核内基因递送的方法,该方法利用生物纳泡(Gas vesicles, GVs)作为空化核用于携载质粒DNA,在细胞内吞后借助超声诱发载基因生物纳泡在胞内产生空化效应,可将质粒DNA直接递送至细胞核实现基因的转录和表达,鉴于超声具有靶向聚焦的特性以及生物纳泡天然的生物相容性能在细胞内长时间保持,由此可实现基因时空可控地核内基因递送。通过以抑制肿瘤转移功能的E-cadherin基因作为例子,研究团队利用开发的胞内空化核内基因递送方法证明了可实现不同时间维度上控制基因的递送与表达,并能发挥抑制肿瘤侵袭和转移的作用。利用该方法团队比较了在不同细胞周期递送E-cadherin基因,发现在肿瘤细胞的G2/M期控制外源基因E-cadherin的核内递送与表达比在G1期和S期能更有效地抑制肿瘤侵袭和转移,进一步的分子机制研究发现Fam50a/Runx2-MMP13信号轴在这效应增强过程中发挥了重要的作用。
      该工作不仅可以有效提高外源基因的转染效率,还有望开发成一种在体时空可控控制外源基因表达的工具,具有重要的应用前景。
      中科院深圳先进院合成所严飞研究员与浙江大学附属第一医院蒋天安主任为论文的共同通讯作者。来自浙江大学的深圳先进院客座学生谢丽婷为论文第一作者。
      图1 文章上线截图
      近年来,基因治疗被认为是除手术、放化疗之外具有巨大应用潜力的新型治疗方法,超声靶向微泡爆破技术是一种新型的基因和药物递送技术,其原理是利用超声造影剂微泡作为基因的载体,借助超声局部辐照载基因微泡,诱发微泡产生周期性的收缩、膨胀乃至坍塌爆破,进而产生微流、微射流和冲击波等一系列空化效应,这些效应叠加作用于临近的细胞膜,使之产生瞬间可修复的微小孔隙(声致穿孔效应),溶液中或微泡爆破释放的质粒DNA趁机进入细胞,从而实现基因的定点递送,该方法具有靶向、定点、可视化基因递送等优势,是实现基因靶向递送颇具前景的方法之一。然而,传统基于微泡超声造影剂的超声基因递送策略仅仅能对细胞膜进行空化穿孔实现外源基因由胞外向胞内递送,而无法将质粒DNA直接递送入细胞核内,导致超声靶向基因转染的效率普遍较低。针对这一问题,严飞研究员团队提出了基于生物纳泡的胞内空化核内基因递送新方法,利用生物纳泡粒径小的特点,通过PEI表面修饰携载质粒DNA后将其与细胞孵育进入到细胞质,再借助超声辐照使其在细胞内产生空化效应,瞬时穿孔核膜直接将基因递送入核内,有效提高了基因的转染效率(流式检测可达47%)。此外,利用生物纳泡天然的相容性,且能在细胞内稳定存在,由此可在不同时间点施加超声控制基因的核内递送与表达,成功实现了外源基因在体时空可控的基因表达。
      图2 超声可视化胞内空化递送EGFP基因在时间维度上控制外源基因的表达
      研究团队利用该系统递送具有抑制肿瘤转移功能的E-cadherin基因,发现在C6脑胶质瘤细胞内吞载E-cadherin的纳泡后,移植到老鼠大脑分别等待0 h (t0),12 h (t12)或24 h (t24)进行超声辐照诱导生物纳泡胞内空化进行基因的核内递送,均能有效抑制肿瘤细胞的迁移,并能延长荷瘤鼠的生存期。为了探索超声胞内空化核内基因递送在细胞周期内的应用,研究团队建立了两种不同的细胞周期运行模式,分别将肿瘤细胞同步化停留在不同细胞周期后进行超声基因转染和同步化细胞撤掉细胞周期阻滞剂进入到不同细胞周期后接受超声基因转染(肿瘤细胞先行内吞载基因纳泡)。实验结果证实开发的核内基因递送方法在两种细胞周期运行模式中的G1期、S期和G2/M期均具有相似的基因转染效率,但在抑制肿瘤细胞侵袭和转移的功能上却有所不同,表现为在G2/M期行超声核内基因递送比G1期和S期具有更好的抗肿瘤侵袭和转移的效果。
      图3 超声胞内空化在不同时间递送E-cadherin有效抑制脑胶质瘤细胞的迁移
      图4 超声胞内空化在不同细胞周期递送EGFP的转染效率以及递送E-cadherin的肿瘤迁移抑制效果
      为了进一步挖掘超声胞内空化递送E-cadherin在G2/M期具有更好抑制肿瘤转移的机制,研究团队通过转录组测序、qPCR、WB和CO-IP等分子实验,发现在肿瘤细胞G2/M期过表达E-cadherin会导致Fam50a基因的下调,进而减少Fam50a/Runx2的相互作用及其转录激活功能,最终导致MMP13的下调,揭示了超声胞内空化核内递送E-cadherin基因在细胞周期G2/M期发挥更好抑制肿瘤转移的机制。
      图5 E-cadherin在G2/M期的过表达更有效地抑制了Fam50a/Runx2-MMP13信号传导
      该工作获得了国家科技部重点研发计划项目、国家自然科学基金面上项目、中科院先导B项目以及深圳市科创委和深圳合成生物学创新研究院等项目的支持。
      Liting Xie, Jieqiong Wang, Liming Song, Tianan Jiang and Fei Yan. Cell-cycle dependent nuclear gene delivery enhances the effects of E-cadherin against tumor invasion and metastasis. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2023; 8(1):182. doi: 10.1038/s41392-023-01398-4. 
      
    2023-05-10
  • 南海海洋所厄尔尼诺影响太平洋经向模态机制研究取得新进展
      近日,金沙威尼斯欢乐娱人城南海海洋研究所热带海洋环境国家重点实验室(LTO)/ 全球海洋和气候研究中心(GOCRC) 研究员王春在团队针对东太平洋(EP)厄尔尼诺激发负位相太平洋经向模态(PMM)机制的适用性提出了新的观点。研究成果以博士后范汉杰为第一作者、王春在为通讯作者发表在国际期刊Journal of Climate上。
      PMM是太平洋最为强盛的热带外海气活动之一,与厄尔尼诺-南方涛动(ENSO)之间存在密切的相互作用。前人提出了ENSO影响PMM的两个机制:1.中太平洋(CP)ENSO能够激发同位相的PMM;2.EP厄尔尼诺能在强度足够大的情况下激发负位相的PMM。前人工作强调机制2只适用于1982/83和1997/98两次超强的EP厄尔尼诺,并且PMM指数也确实在1983和1998年春季达到了最大的两次负值(图1a)。然而,实际上1983和1998年春季,副热带太平洋上的海温异常(SSTA)是微弱的负值甚至是正值(图1b和c),与PMM指数的高负值显然不符。
      为了理解这一看似矛盾的结果,本研究将ENSO影响PMM的两个机制进行了物理过程的对比诊断以检验各自的适用性。结果表明,CP ENSO激发的大气响应刚好能够配合风-蒸发-海温(WES)反馈引起同位相的PMM活动。另一方面,虽然EP厄尔尼诺中心区的SSTA独自发生时有助于激发负位相的PMM,但EP厄尔尼诺的SSTA横跨经度较宽,可以延伸至CP区域,整体引起的大气响应并不能很好地配合WES反馈进而激发负PMM活动。以上物理机制诊断解释了两次超强EP厄尔尼诺期间副热带SSTA微弱的原因,但不能解释当年PMM指数的高负值。
      为此,本研究进一步采用了指数投影拆解的方法,对PMM指数强度进行了贡献量化分析。结果表明,大多数的PMM指数高值是由副热带的SSTA引起,而1982/83和1997/98期间PMM指数的高负值却是由EP区域强盛的增暖投影至PMM模态在赤道上的负值中心所引起的,与一般情况不同(图2)。进一步采用CMIP6模式分析同样获得了以上的结果。
      本研究结果澄清了前人提出的EP厄尔尼诺能够激发负PMM的偏差理解,有助于更加准确地认识太平洋热带-热带外的相互作用。另外,本研究表明类似经验正交分解和最大协方差分析等方法虽然有助于识别气候模态,但这些方法得到的指数用于模态强度表征时可能包含虚假信息,在研究过程中需要谨慎对待。
      本研究得到了国家自然科学基金重大项目、国家重点研发计划项目和博士后创新人才支持计划等共同资助。
      相关论文信息:
      Fan, H., S. Yang, C. Wang, and S. Lin, 2023: Revisiting the impacts of tropical Pacific SST anomalies on the Pacific Meridional Mode during the decay of strong eastern Pacific El Nio events. J. Climate.
      原文链接:
      https://doi.org/10.1175/JCLI-D-22-0342.1
      图1. (a) PMM指数逐月时间序列,虚线指示1983和1998年的春季。(b) 1983年和 (c) 1998年春季的海温异常空间分布。
      图2. (a) PMM指数和空间投影方法得到的PMM投影指数,相关性为0.98。(b) 和 (c) 为利用空间投影方法拆解得到的副热带太平洋(蓝色)和热带太平洋(红色)的SSTA对PMM指数强度的贡献,(b) 是未滤除冷舌指数信号的结果,(c) 是滤除后的结果。
    2023-05-17
  • 深海所在深时与类火星硅质沉积中有机分子光谱特征的研究上取得进展
    近期,地外海洋系统研究室龙海俊硕士研究生作为第一作者,导师屈原皋研究员作为通讯作者在Precambrian Research(Top期刊)上发表学术论文。
      近期,地外海洋系统研究室龙海俊硕士研究生作为第一作者,导师屈原皋研究员作为通讯作者在Precambrian Research(Top期刊)上发表学术论文。本研究以华南新元古代埃迪卡拉地层(约6亿年前)中特有的硅质结核为研究对象,综合运用以拉曼光谱学为代表的微区原位分析方法,发现硅质结核不同种类之间及同种结核之内的有机物存在显著的光谱特征差异。这些微米尺度有机物分子结构的差异可能记录了参与硅质结核形成过程中的不同微生物前体和不同生物成矿过程对有机物分子结构的差异性改造。基于微米尺度有机物和矿物的光谱特征差异,本研究提出了不同结核的形成机制,及不同成岩矿化过程对共存的多种来源有机物分子结构的潜在影响。本研究以新元古代地球氧化事件-冰期雪球事件之后、寒武纪生命大爆发之前的地质时期样品为类比,深入分析深时与深空有机分子生命信号的保存与探测方法,对于类火星硅质沉积以及地外海洋中有机分子和潜在生命痕迹的探测有重要的类比价值。
      拉曼光谱展示硅质结核内部矿物特征及有机分子结构的微尺度差异 
      三类结核假定的形成途径以及可能的地球生物学过程卡通图 
      原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301926823000852 
      
    2023-05-15
  • 深海所研究高浓度硫酸盐热液促进稀土元素输运和成矿作用
    近日,深海极端环境模拟研究实验室周义明研究员课题组在《Geology》发表了题为“Hydrothermal sulfate surges promote rare earth elements transport and mineralization”的文章
      近日,深海极端环境模拟研究实验室周义明研究员课题组在《Geology》发表了题为“Hydrothermal sulfate surges promote rare earth elements transport and mineralization”的文章。 
      本研究对热液条件下典型硫酸盐矿物的溶解性开展系统性对比研究,发现碱金属与硫酸根的耦合、高温高压条件是超富硫酸盐热液形成的有利条件。形成的超富硫酸盐热液可高效迁移稀土元素,据此提出压力释放、温度降低、以及碱金属的丢失(碱交代等蚀变作用的发生)是导致碳酸岩型稀土矿化的潜在机制,这也与地质观察相吻合。 
      深海所万野博士为第一作者、周义明研究员为通讯作者、博士生王若衡、南京大学王小林教授、地质与地球物理研究所李晓春研究员作为共同作者参与了本项研究工作。
      图1. 碱金属硫酸盐溶解度受压力影响明显
      图2. 硫酸盐主导的稀土元素迁移、富集、矿化模型(FFI代表液-液不混溶作用,F1指分离出的富集液相)
      论文信息:Wan, Y., Chou, I. M., Wang, X., Wang, R., & Li, X. (2023). Hydrothermal sulfate surges promote rare earth element transport and mineralization. Geology, 51(5): 449–453. 
      
    2023-05-15
  • 华南植物园“一种复配型天然美白抗皱组合物和应用”获发明专利
    5月15日获悉,由金沙威尼斯欢乐娱人城华南植物园邱声祥等科研人员完成的“一种复配型天然美白抗皱组合物和应用”获国家发明专利授权。
      5月15日获悉,由金沙威尼斯欢乐娱人城华南植物园邱声祥等科研人员完成的“一种复配型天然美白抗皱组合物和应用”获国家发明专利授权。
      该发明含有原花青素B2和紫檀芪作为活性成分。以该发明方法得到的天然植物源美白抗皱组合物性质稳定,应用于护肤产品中无刺激、抗过敏、美白淡斑、抗衰老。该发明制备方法简单,功效显著,具有很好的应用前景。
       
      
    2023-05-15
  • 华南植物园提出通过科技创新促进国家植物植物园在可持续发展中的作用
    在华南国家植物园获国务院批准设立一周年之际,国际植物学主流期刊Trends in Plant Science ( Cell的子刊之一, 2022年SCI影响因子22.012 )在线发表了题为《 The role of National Botanical Gardens to benefit sustainable development 》的文章。华南国家植物园的任海研究员为第一和通讯作者,国际植物园保护联盟主席、英国爱丁堡皇家植物园前主任Stephen Blackmore院士是共同作者。该文更新了国家植物园的概念,针对中国存在的生态系统退化和生物多样性丧失等问题,提出了中国国家植物园需要在7个方面提升科技创新能力,为生物多样性保护和可持续发展提供科技支撑。全球的国家植物园分布图。
      在华南国家植物园获国务院批准设立一周年之际,国际植物学主流期刊Trends in Plant Science(Cell的子刊之一,2022年SCI影响因子22.012)在线发表了题为《The role of National Botanical Gardens to benefit sustainable development》的文章。华南国家植物园的任海研究员为第一和通讯作者,国际植物园保护联盟主席、英国爱丁堡皇家植物园前主任Stephen Blackmore院士是共同作者。该文更新了国家植物园的概念,针对中国存在的生态系统退化和生物多样性丧失等问题,提出了中国国家植物园需要在7个方面提升科技创新能力,为生物多样性保护和可持续发展提供科技支撑。
      现代植物园起源于文艺复兴时期的欧洲,经历了药用植物收集及与教学、经济植物开发、市政园林植物展示、植物保护与自然教育等功能变迁,促进了植物学的发展和经济植物的开发利用。目前全球有3755个植物园迁地保护了全球1/3的高等植物和41%的珍稀濒危植物。现在全球有43个国家建立了80多个国家植物园(图1)。2021年10月12日中国国家主席习近平在《生物多样性公约》第十五次缔约方大会领导人峰会上宣布:本着统筹就地保护与迁地保护相结合的原则,启动北京、广州等国家植物园体系建设。2021年12月28日和2022年5月30日,中国国务院分别批复同意在北京建设国家植物园,在广东省广州市设立华南国家植物园。下一步,中国将综合考虑主要气候带和植被类型、生物多样性热点地区、现有植物园的综合实力、区域可持续发展状况、以及地方政府的支持强度,在保证植物园标准的基础上,按照国家代表性、保护有效性、社会公益性和管理可行性,遴选一批国家植物园,按照“科学的内涵、艺术的外貌、文化的底蕴、国际的标准和中国的特色”进行建设,形成中国的国家植物园体系。至2050年能实现50%以上中国本土植物、85%以上国家重点保护物种迁地保护,同时提升相应的科学研究、自然教育和资源利用水平。
      中国面临着生态系统退化、生物多样性丧失、资源植物开发利用不足等问题,在全球气候变化的叠加影响下,国家的可持续发展面临重大挑战。国务院批复要求两个国家植物园“坚持人与自然和谐共生, 尊重自然、保护第一、惠益分享; 坚持以植物迁地保护为重点, 体现国家代表性和社会公益性; 坚持对植物类群系统收集、完整保存、高水平研究、可持续利用, 统筹发挥多种功能作用; 坚持将植物知识和园林文化融合展示, 提升科普教育功能,讲好中国植物故事, 彰显中华文化和生物多样性魅力, 强化自主创新, 接轨国际标准, 推动构建中国特色、世界一流、万物和谐的国家植物园体系。
      中国的国家植物园将在坚持保护、科研、科普和利用的主要功能基础上,进行一些创新,例如,在城市与植物园的融合发展中,通过野生生物园的理念,更大发挥植物园的社会生态关系。通过师法自然和基于自然的解决方案理顺植物园的水土气生等要素的关系,为碳中和和碳达峰服务。在活植物收集和资源利用方面,更加注重极小种群的遗传多样性保护及遗传资源的惠益共享机制探讨。在植物专园类建设方面探讨群落学建园方式。探讨利用植物园的植物资源和知识技能,为全球变化背景下的山水林田湖草生命共同体的生态恢复提供支撑。利用大数据和人工智能,将植物园的标本库、活植物库、知识库和人才库进行系统集成建设智慧化的植物保护科研和科普系统。同时积极探索“共谋全球生态文明建设”的绿色发展方式和生活方式,构建更加好的人与自然和谐共生关系。
      中国提出建设以国家植物园为引领的综合性迁地保护体系,这个体系将会与全球其他植物园共同在植物多样性编目、评估、迁地保护、科普和资源利用方面努力,服务生态文明建设, 实现人与自然和谐共生。
      论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1360138523001358
       
      图1. 全球的国家植物园分布图
      
    2023-05-15
  • 南海海洋所海洋小单胞菌天然产物everninomicin的生物合成研究取得新进展

      近日,金沙威尼斯欢乐娱人城南海海洋研究所张长生团队在海洋微生物天然产物everninomicin的生物合成及工程菌株构建研究中取得新进展,相关成果以“Biosynthesis and Engineered Overproduction of Everninomicins with Promising Activity against Multidrug-Resistant Bacteria”为题,于2022年4月21日在线发表于ACS Synthetic Biology(《ACS合成生物学》)。
      靶向细菌核糖体的正糖霉素类天然产物具有特殊的高度修饰的寡糖骨架,与目前商用的核糖体靶向抗生素如大环内酯类、四环素类和氨基糖苷类等抗生素靶点均不同,不易产生交叉耐药,具有进一步开发的潜力。具有八糖骨架的everninomicin D是小单胞菌产生的正糖霉素类天然产物,自上世纪60年代起由美国先灵葆雅公司(Schering-Plough)分离鉴定,该公司通过调研发现其具有良好的抑菌活性。然而everninomicin的生物合成及代谢工程研究一直受限于野生型菌株的产量低下,其生物合成研究及构效关系分析一直进展缓慢。
      研究团队以生物活性为导向,发现南海来源的小单胞菌SCSIO 07395(田新朋研究员提供)具有产生微量everninomicin 类化合物的能力。由于该类化合物生物合成步骤较多,结构复杂且代谢关键节点未知,暂时难以开展理性的代谢工程研究,于是采取了直接增加整个生物合成基因簇的拷贝数的方法进行增产(图1)。通过活性检测及代谢物分析发现,与野生型菌株相比,工程菌株的everninomicin 类化合物1-4的产量显著提升,同时还产生了野生型不产的新类似物5和6(图1)。
      将工程菌株发酵分离得到的everninomicin类似物与包括5种氨基糖苷类、3种大环内酯类、3种β-内酰胺类和3种四环素类在内的28种商用抗生素在体外对21株革兰氏阳性菌及7种革兰氏阴性菌进行了系统的活性比较。结果显示everninomicin对葡萄球菌、肠球菌和链球菌活性显著,整体活性优于除thiostrepton和rifamycin外其他抗生素;此外,everninomicins对阴性菌中的鲍曼不动杆菌、霍乱弧菌和溶藻弧菌也具有中等强度的活性(图1)。
      然后进一步选择了抑菌谱相似的vancomycin、linezolid及avilamycin同化学性质稳定的everninomicin D、E和M进行了半抑制浓度(IC50)的比较。测试结果显示everninomicin D、E和M对葡萄球菌和肠球菌的IC50与vancomycin、linezolid及avilamycin相当;对于链球菌则显示出明显的优势,特别是everninomicin D和M在体外对肺炎链球菌及猪链球菌显示出纳摩尔级水平的抑制作用;此外,everninomicin E对三种革兰氏阴性病原体鲍曼菌、溶藻弧菌和霍乱弧菌活性较为显著(表1)。最后,进一步利用基因簇倍增技术构建了everninomicin M的高产菌株,目前最高产量可达98.6 mg/L,为后续动物实验提供了物质基础。
      综上所述,本研究从南海来源的野生型小单胞菌出发,针对结构及合成途径均非常复杂的天然产物,克服了野生型菌株遗传操作上的困难,直接通过增加生物合成基因簇的拷贝数达成了初步的产量提升及化学多样化,成功制备出多种具有显著活性的everninomicin类似物,为快速提高微量且复杂的活性天然产物的产量供生物合成及构效关系研究提供了参考案例。
      博士后朱梦奕和王利娟为本文共同第一作者,张长生研究员为本文通讯作者。本研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金委项目、博士后创新人才支持计划、中国博士后科学基金、广东省基础与应用基础研究基金、广东省海洋经济发展专项资金项目、王宽诚教育基金项目、海南省重大科技计划项目、广东省培养高层次人才特殊支持计划和广东省重点领域研发计划项目等资助。
      相关论文信息:Mengyi Zhu#, Lijuan Wang#, Haibo Zhang, Liping Zhang, Bin Tan, Qi Huang, Yiguang Zhu, and Changsheng Zhang*. Biosynthesis and Engineered Overproduction of Everninomicins with Promising Activity against Multidrug-Resistant Bacteria. ACS Synthetic Biology 2023, DOI: 10.1021/acssynbio.3c00055.
      https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.3c00055
      图1 利用基因簇倍增的方法获得增加多种everninomicin类天然产物及其与商用抗生素的活性比较
      表1 everninomicins与阿维拉霉素、万古霉素及利奈唑胺对多种病原菌的半抑制浓度比较
      
    2023-04-27
  • 南海海洋所抗性基因介导海洋微生物天然产物结构多样化研究获进展

      近日,金沙威尼斯欢乐娱人城南海海洋研究所张长生研究员团队在抗性基因介导海洋微生物天然产物结构多样化研究中获得新进展。研究揭示了糖苷酶KijX水解海洋微生物天然产物Lobophorin(LOBs)中的糖基侧链,从而介导菌株对LOBs产生抗性的新机制,阐明了异源重组菌株中LOBs的结构多样化是内源基因和外源基因簇间相互作用的结果,为抗生素耐药性和结构多样化研究提供了新思路。相关研究成果“A Widespread Glycosidase Confers Lobophorin Resistance and Host-Dependent Structural Diversity”发表于Angewandte Chemie International Edition (《德国应用化学》),并被遴选为”Hot Paper"。
      抗生素耐药问题正在引发全球健康危机,普遍认为耐药性的产生与抗生素的广泛使用息息相关。但越来越多的研究发现,即使在人迹罕至的冻土和洞穴中发现的微生物中也存在抗生素抗性基因,表明环境微生物作为抗性基因的储存库,可能是临床耐药菌株中抗性因子的起源。这也提出了一个关于抗生素与其抗性基因演化过程中“先有鸡还是先有蛋”的有趣问题:是抗生素的广泛使用催生了抗性基因的进化,还是抗性基因本已古老存在,只是因抗生素的使用而加速了其发现过程?无论如何,从环境微生物中鉴别新的抗生素抗性基因,理解其生态功能,可以为抗生素的临床耐药性提供潜在的可控措施和解决方案。
      LOBs属于螺环乙酰乙酸内酯类抗生素,研究人员前期从海洋来源链霉菌Streptomyces sp. SCSIO 01127中分离到LOBs A/B,解析了LOBs生物合成中负责糖基化(LobG1、LobG2和LobG3)(Org Lett, 2013, 15, 1374-1377; Org Lett, 2020, 22, 1062-1066)、糖甲基化(LobS1)(Appl Microbiol Biotechnol, 2013, 97, 3885-3892)和C-32羟化(LobP1)(Chin J Chem, 2023, 41, 1478-1484)等后修饰酶的功能(图1)。但在近期研究中发现一个特别的现象:与野生型菌株产物不同,异源重组菌株S. coelicolor M1154/pCSG5560(含有lob基因簇)中产生了一系列C-9位带单糖且C-32位为羟甲基的LOBs,而意外的是,虽然LobP1体外反应确证其负责C-9位带三糖或双糖的LOBs的C-32位甲基羟化,但LobP1却不能催化C-9位带有单糖的LOBs发生羟化(图1)。由此产生了异源重组菌株中这些C-9位带单糖且C-32位为羟甲基的LOBs是如何产生的问题。
      图1. 野生型菌株(浅蓝色)和异源表达菌株(浅黄色)中产生的代表性LOBs及部分后修饰酶的功能
      基于上述问题,通过文献调研和生物转化实验,研究人员在异源宿主中发现了一个糖苷酶KijX,可催化LOBs中C-9位多糖链的水解,但不能催化C-9位带单糖的LOBs发生糖基水解(图1)。在异源重组菌株S. coelicolor M1154/pCSG5560中,LOBs的合成经历了LobG1(C-17糖基化),LobG3(C-9位连续添加两个糖)和LobG2(C-9位的第三个糖)催化的糖基化,KijX催化的C-9位三糖(或双糖)产物脱糖,LobG3催化的C-9位重新糖基化(单糖)的复杂过程(图2)。通过外源基因簇lob和内源基因kijX之间相互作用,最终实现了LOBs的结构多样化。
      图2.野生型菌株和异源重组菌株中LOBs产生的差异及菌株对LOBs产生抗性的分子机制
      进一步的生物信息学分析发现,KijX的同源酶在细菌、真菌和古菌中广泛存在。查询到细菌来源KijX蛋白2323个,真核生物来源68个,古菌来源9个。体外酶学实验显示,在选取的56个不同来源的KijX同源蛋白(相似性28?91%)中51个有水解糖基的活性,部分同源蛋白的活性优于KijX。由于KijX同源蛋白广泛存在于放线菌门中,推测该酶可能为放线菌对抗环境中LOBs的一种抗性机制。活性评价实验显示C-9位带有单糖或无糖的LOBs对放线菌指示菌株没有抑制活性;C-9位带有三糖或双糖的LOBs能够抑制不含kijX及同源酶基因的放线菌的生长。导入kijX基因后,敏感菌株对LOBs产生抗性。相反,C-9位带有三糖或双糖的LOBs不能抑制含有kijX及同源基因的放线菌的生长,但敲除kijX及同源基因后,菌株对LOBs敏感(图3)。这些实验证实了kijX及其同源基因为LOBs的抗性基因。菌株间的拮抗实验显示同样的结果,表明菌株通过产生LOBs来抑制同一生境中其他微生物的生长以获得竞争优势,体现了环境微生物间的一种共进化关系(图3)。
      图3. kijX作为抗性基因的鉴定以及LOBs产生菌和非产生菌之间的拮抗作用
      为了进一步阐明这类特殊糖苷酶的作用机制,研究人员解析了AcvX(KijX同源蛋白)的晶体结构。与AlphaFold2预测的15个其他KijX同源蛋白结构比较显示,这类酶含有典型的GH113家族糖基水解酶的(β/α)8桶状结构,但与典型GH113家族水解酶相比,KijX及其同源酶与底物结合的口袋呈现出特征的带负电的凹槽,这个负电凹槽是该类酶特异性对LOBs产生水解作用的关键结构特征。进一步通过晶体叠加和点突变分析找到了该类蛋白可能的催化位点,并推测了其催化机制。
      绝大多数KijX同源酶在本研究之前被注释为未知功能蛋白,含有kijX的微生物在环境中分布非常广泛,涵盖了沙漠、海洋和深洞,以及人体和动物的肠道微生物。与此相反,含有LOB生物合成基因簇的微生物大多数来自于海洋环境。由此推测某些抗生素的抗性基因本已古老存在,抗生素的广泛使用加速了其发现过程。kijX及其同源基因作为LOBs的抗性基因是巧合还是必然,是否其进化的目的是为抵抗环境中的LOBs均还未知,它们的原始生物学功能还有待进一步研究。
      谭彬博士、张丽萍副研究员和张庆波研究员为本文共同第一作者,朱义广和张长生研究员为共同通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重大项目、广东省海洋经济发展(海洋六大产业)专项资金项目、海南省重大科技计划项目和金沙威尼斯欢乐娱人城王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队项目”等资助。
      相关论文信息:
      A Widespread Glycosidase Confers Lobophorin Resistance and Host-Dependent Structural Diversity. https://doi.org/10.1002/anie.202302043
      
    2023-05-05
  • 广州地化所揭示熊耳大火成岩省中酸性侵入体成因及意义
    大火成岩省(LIP)被认为是地壳快速增长的最有效方式之一,通常包括巨量的镁铁质岩石和小比例的中酸性岩石。前者代表地幔对地壳的贡献,而后者的成因却存在争议,对于大陆地壳生长的意义也不确定。很多学者根据放射性同位素(Sr-Nd-Hf)的亏损或者富集特征,认为中酸性岩浆是通过玄武质岩浆的结晶分异或者古老地壳物质重熔形成,分别作为新生地壳和古老地壳循环。然而,过去在考虑长英质岩石的成因时,通常过度依赖同位素特征而忽略了岩石本身的主微量元素特征所带来的成因启示,因此对大陆地壳生长的意义会产生误解。
      针对以上问题,金沙威尼斯欢乐娱人城广州地球化学研究所在读博士生马建锋在赵太平研究员指导下,对华北克拉通南缘中元古代熊耳大火成岩省中的闪长岩和花岗岩(图1)开展了详细的地质考察、岩石学、地球化学分析以及alphaMELTS模拟,揭示了大火成岩省中的长英质岩石成因的具体过程,并且提出了对大陆地壳生长意义的新认识。本次研究发现:
      (1)闪长岩和花岗岩时代为1780 Ma,与熊耳LIP同期。闪长岩结构和化学特征表明为快速结晶的熔体而非堆晶,结合地幔相似的O同位素特征(图2)和微量元素质量平衡计算显示是经过40-50%的玄武质岩浆结晶分异形成(图3)。
      (2)花岗岩为I型花岗岩且与闪长岩成分不连续以及略高的锆石结晶温度表明,花岗岩不可能通过闪长岩的结晶分异形成;微量元素与热力学模拟显示花岗岩无法通过古老基底斜长角闪岩和TTG部分熔融形成,另外花岗岩中的锆石具有与地幔相似的O同位素特征(图2),且热力学模拟显示低水含量下熊耳LIP中的玄武安山岩经过30%的部分熔融可以产生相似熔体,与微量元素质量平衡计算结果也是一致的(图3)。
      (3)虽然闪长岩和花岗岩均具有富集的放射性同位素(Nd-Hf)特征(图2),但是却都代表新生地壳,而非前人认为的古老地壳重熔。作者同时还注意到,根据放射性同位素特征很难评估大陆地壳生长速率,并且会产生误解。例如造山带中大量镁铁质岩石具有富集的放射性同位素特征,但是依然有助于大陆地壳的生长,而新生的沉积物重熔虽然具有亏损的放射性同位素特征,但是对大陆地壳生长没有贡献。
      综上,本文提出一个新的成因模型:LIP中的长英质岩石由中基性岩重熔形成,并非由高程度结晶分异、古老地壳重熔或者不混熔形成(图4)。同时放射性同位素可能对中酸性岩石成因产生误解,从而对大陆地壳生长的意义产生歧义,需结合其他证据谨慎分析。
      相关研究成果近期发表于国际地学权威期刊《GSA Bulletin》。
      论文信息:Jian-Feng Ma(马建锋), Chuan-Hao Qu(瞿川豪), Yan-Yan Zhou(周艳艳), and Tai-Ping Zhao(赵太平)*. The genesis of ca. 1.78 Ga granitoids in the Xiong’er large igneous province: Implications for continental crust generation. GSA Bulletin (2023). https://doi.org/10.1130/B36694.1
      论文链接
      图1 研究区地质背景与采样位置
      图2 闪长岩与花岗岩全岩Nd同位素与锆石Hf-O同位素特征
      图3 稀土元素质量平衡模拟闪长岩和花岗岩形成
      图4 熊耳大火成岩省中酸性岩石成因模式
    2023-05-08
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